Nhân vật chính của tiểu thuyết là cậu bé thiếu niên Jim Hawkin, lớn lên ở một quán trọ nơi bố mẹ cậu làm chủ. Vào một ngày nọ, có một thủy thủ già (Bill Bones) đến ở trọ, và vô tình lộ ra việc hắn ta vốn là thành viên cũ của băng cướp biển do thuyền trưởng Flint huyền thoại, đang trốn chạy đồng bọn. Trước khi chết, Bill đã tiết lộ cho Jim về kho báu của băng Flint, cùng với bản đồ kho báu do ông ta giữ. Khi Bill chết, Jim đã kịp lấy bộ bản đồ trước khi đồng bọn của Bill đến phá quán để cố tìm kiếm bản đồ.

Jim đã đem bản đồ đến trình chính quyền với điền chủ John Trelawney, bác sĩ Lee Livesey, và họ đã quyết định cùng lên đường tìm kiếm số vàng này mang về cho chính quyền, và Jim trở thành thủy thủ học việc trên chiếc tàu này, với thuyền trưởng Alexander Smollett và những người thân cận của John. Khi tàu ra khơi, vô tình Jim đã phát hiện ra cuộc nội loạn sắp xảy ra do kẻ cầm đầu là John Silver cao kều, gã đầu bếp cụt chân với con vẹt mang tên thuyền trưởng Flint trước đây chính là thành viên trong toán cướp Flint. Nhờ phát hiện này, mọi người thoát chết và đã rời khỏi tàu, cùng chiến đấu với bọn phản loạn trên đảo.

Sau đó, khi tham gia một chuyến thăm dò nho nhỏ trên đảo, Jim đã lạc khỏi nhóm và vô tình gặp được Ben Gunn, người sống trên hoang đảo. Ben chính là đồng đội cũ của bọn John Silver cao kều bị cả bọn bỏ rơi trước kia khi cố gắng tìm kho báu. Ben đã tìm ra kho báu và chôn giấu riêng ở một nơi. Nhờ có con thuyền độc mộc thô sơ của Ben,Jim đã đột nhập vào con tàu Hispaniola(lúc này chỉ có tên cướp biển mũ đỏ và tên giặc già Hands canh giữ).2 tên giặc trên tàu đã ẩu đả nhau và tên giặc già Hands đã giết chết tên kia với một vết thương lớn trên đùi.Sau đó, Jim đã uy hiếp Hands phải giúp cậu đưa tàu đến một vị trí cất giấu an toàn .Tuy nhiên,sau khi đã hồi phục nhờ sự chăm sóc của Jim ,tên giặc đã suýt giết cậu khi Jim đang bất cẩn nhưng không thành công.Dù không muốn giết lão,Jim đã vô tình cướp cò hai khẩu súng trên tay làm tên giặc ngã xuống biển cùng với xác của tên giặc mũ đỏ.Khi đã neo tàu an toàn ở bến ''Thuyền trưởng Kid'',Jim tìm về pháo đài cũ để gặp lại mọi người thì lại bị rơi vào tay bọn John Silver .May mắn thay, cậu đã được tên Silver cứu khỏi bị tra tấn và hành hạ,đổi lại việc cậu sẽ làm chứng cho hắn phòng khi hắn bị bắt.JIm được gặp lại bác sĩ Livesey vào sáng hôm sau và đã tiết lộ cho bác sĩ biết về vị trí tàu.Livesey đã cố gắng thuyết phục Jim chạy theo mình nhưng cậu đã thẳng thừng từ chối với tấm lòng quân tử; đó thật sự là ''một tia sáng hi vọng trong hoàn cảnh tăm tối '' lúc đó của Long John Silver. Sau đó ,Jim cùng bọn thủy thủ khởi loạn lên đường đi tìm kho báu trên đảo với tấm địa đồ của Bill trong tay.Giữa đường,chúng đã vô cùng khiếp vía khi nghe được giọng nói giống của Flint trong rừng thực ra là Ben Gunn giả giọng để câu giờ cho nhóm bác sĩ và Trelawney mai phục sẵn ở nơi cất giấu kho báu.Bọn giặc nhanh chóng lờ đi sự sợ hãi ban đầu để tiến gần hơn tới nơi chôn của và phát hiện rằng nó trống không vì đã bị đào xới bởi Ben Gunn. Trong khi lũ giặc đang nhăm nhe định giết chết Jim cùng tên Silver cụt chân thì từ trong bụi,nhóm kia đã nổ súng và tiêu diệt 2 tên ,làm 3 tên còn lại bỏ chạy. Mọi người trở lại hang động nơi Ben cất giấu kho báu và bắt tay vào việc tải vàng lên tàu.VIị thuyền trưởng Smollett cùng ông trelawney chào đón Silver như chưa có gì xảy ra;tên này cũng cư xử khúm núm,lễ phép như khi còn làm bếp trưởng.Sau khi đã bỏ lại 3 tên phản loạn ở trên đảo,họ rời đảo và neo đậu ở một vùng biển tấp nập . Do sự canh phòng bất cẩn và sự vì nể Silver của Ben Gunn ,tên thủy tủ cụt chân đã biến mất cùng với một túi bạc đầy.Dù vậy,mọi người đều mừng vui vì thoát khỏi tên giặc đó.Kết thúc câu chuyện, mọi người đều có những cuộc sống tốt đẹp với số vàng nhận được .Tuy kho bạc và kho vũ khí vẫn còn sót lại trên đảo nhưng không ai trong những người sống sót có ý định quay lại hòn đảo ghê rợn đó bất cứ lần nào nữa.

Câu chuyện được viết theo tường thuật của Jim sau khi đã trở thành thủy thủ trưởng thành từ chuyến đi này, cùng với hồi ký của bác sĩ Lee Liversey thuật lại thời gian chiến đấu với bọn phản loạn.